Статьи по биоинформатике

Поисковые фразы для разных данных

• genome assembly — сборка генома из прочтений.
• RNA sequencing или RNA-seq — анализ данных секвенирования РНК.
• differential expression — поиск различий в экспрессии генов.
• single cell RNA sequencing — анализ экспрессии на уровне отдельных клеток.
• variant calling — поиск генетических вариантов.

Где искать статьи

На bioRxiv есть отдельная категория bioinformatics: она подходит для новых биологических препринтов. В Europe PMC удобно искать по названию метода и биологической задачи. Работы с большим акцентом на алгоритмы можно искать также в cs.CE и q-bio на arXiv.

Для начала попробуйте в поиске сайта genome assembly, differential expression или single cell. Если ищете сравнение методов, добавьте benchmark к запросу на странице соответствующего научного источника.

Как подписаться на bioRxiv и Europe PMC

В боте нажмите «Добавить тему» → bioRxiv → выбор категории и выберите bioinformatics. Бот покажет условие: проверьте его и нажмите «Подтвердить». Для более узкой темы в том же источнике выберите «Ключевую фразу» и отправьте single cell.

Другой вариант: «Добавить тему» → Europe PMC → «Ключевая фраза» → genome assembly. После предпросмотра подтвердите подписку. Для каждой темы можно посмотреть результат через «Последние работы».

Как выбрать метод для своих данных

Найдите, на каких данных метод проверяли: организм, технология секвенирования, число образцов или клеток. Затем посмотрите, опубликованы ли код, версия программы и пример запуска. Сравнение методов особенно полезно, если данные похожи на ваши, а не просто совпадает слово bioinformatics в названии.

Английские термины для поиска

genome assembly

сборка генома

differential expression

дифференциальная экспрессия генов

variant calling

поиск генетических вариантов

Частые вопросы