наукоследКакие знания пригодятся
Подборка рассчитана на читателя, знакомого с DNA, RNA, промоторами и экспрессией генов. Энхансер — участок DNA, который может усиливать работу гена; хроматин — DNA вместе с белками, влияющими на её доступность.
Одни статьи помогают выбрать измерение, другие — анализировать готовые данные. Отталкивайтесь от того, что вы хотите узнать о конкретном гене.
Выберите нужный способ исследования
- Перед дорогим секвенированием проверьте качество библиотеки: ONT-LibQC в работе №1.
- Чтобы сопоставить доступность хроматина и активность генов, смотрите ATAC-seq и RNA-seq в №2.
- Для прямого изучения связывания фактора с нуклеосомой — работа №3.
- Для роли модификаций гистонов в нежелательной транскрипции — №4.
- Чтобы увидеть изменение регуляторных комплексов в живой клетке, прочитайте №5.
- Если нужны предсказания контактов хроматина по последовательности DNA — UniLoopNet в №6.
Как связать статью со своей задачей
Составьте короткую запись: какой ген изучают, в каком организме и клетках, что измеряется и какое воздействие сравнивается. Для эксперимента с вашим геном полезнее совпадение метода и клеточной системы, чем одно общее слово chromatin.
В оригинале статьи ищите схемы эксперимента, ссылки на данные и код анализа. Для уведомлений по теме подойдут chromatin accessibility, enhancer promoter interaction и transcription factor binding.
Английские термины для поиска
- ATAC-seq
- метод оценки доступности участков хроматина
- transcriptional bursting
- эпизоды усиленного образования RNA с гена
Частые вопросы
Какая статья посвящена совместному анализу RNA и хроматина?
Работа №2 объединяет ATAC-seq и RNA-seq на примере клеток костной ткани данио-рерио.